Sommerferien er slut og Mugge skal i skole. Det bliver bare ikke helt, som Mugge havde forestillet sig, og hvad gør man så? Ja man laver sin egen skole for alle med mærkelige hjerner. Filmen er tilladt for alle, men henvender sig mest til børn fra 6 år.
Mugge er sit sædvanlige glade, optimistiske og kugleskøre væsen, og da sommerferie er slut, glæder han sig til at begynde i skole igen. Desværre har skolen fået en ny leder, og nu skal alle børn passe i kassen. Det gør Mugge ikke, og da han skal gå om, beslutter han sig for at lave sin egen skole for mærkelige hjerner. Mugges bedste veninde Sofia bliver sendt til en militant efterskole, og langsomt glider de to venner fra hinanden, og deres venskab hænger i en tynd tråd. Filmen er baseret på bogen af samme navn.
"Mugge og hans mærkelige hjerne" er endnu en skingrende skør film fra Wulffmorgenthaler-universet i kvarteret omkring Düsseldorf Allé. Der er masser af sort humor og sindssyge karakterer, som også vil underholde de voksne seere. Endnu engang kæmpes der for de skæve eksistenser, der ikke altid lige passer i en bestemt kasse. Sindssyg underholdning i højt tempo.
Filmen kan bedst sammenlignes med en tidligere film om Mugge Mugge & vejfesten.