Det hele startede en sommer, hvor Scooby-Doo, Shaggy og Daphne hemmeligt opsporede 13 af verdens uhyggeligste spøgelser og fangede alle undtagen et. Med det 13. spøgelse på fri fod bliver flokken nødt til at lade deres hemmeligheder være fortid og gøre arbejdet færdigt.