Magi, fantastiske væsner, og humor kendetegner tidligere udgivelser af den engelske forfatter Eva Ibbotson. Den hemmelige mission rummer disse elementer samt et stort persongalleri af væsner hentet fra verdens mytologier, ikke helt almindelige børn og sære tanter. Omslagsillustrationen i stærke farver er uhyggelig og vækker læserens nysgerrighed, og allerede fra første side introduceres plottet: tanterne Etta, Koral og Myrte bor på en isoleret ø, hvor de passer deres gamle far, deres indskrumpne kusine og en lang række dyr og underlige væsner, som har søgt tilflugt på øen. Tanterne er gamle og svækkede; de magter ikke længere arbejdet. De beslutter sig for at kidnappe 3 børn, som skal føres til øen og bruges som hjælpere. Under kidnapningen og børnenes første tid på øen opstår diverse komplikationer, som vil more både den voksne oplæser og selvlæserne. Man erfarer lidt efter lidt, at tanterne og deres ø er tiltænkt en særlig rolle i kampen om at redde havet og havets dyr fra menneskers udnyttelse og forurening. En anderledes fortælling om kampen mellem de gode og de onde, om børns medfødte evne til at blive ét med dyr og naturen og med et klart budskab om at passe på naturen. Til oplæsning fra 3. klasse, frilæsning i 5.-7. klasse.